Aan het hoofd van Universiteit Ypsilon stond de rector. Deze myrofas was aangesteld door zijn/haar voorganger na een (vermoedelijk) zorgvuldige selectieprocedure.
Na de overval van nachtelfen uit Hazdor is de universiteit samengegaan met Bumetrel en verhuisd naar Oikilan. De positie van rector is daarmee vervallen.

De rector was verantwoordelijk voor alles wat er op de universiteit gebeurde. Zowel het onderwijs, het personeel, de financiën als de reputatie van de universiteit waren zijn verantwoordelijkheid. Zijn functie was daarmee vergelijkbaar met de functies van de schoolhoofden van Bumetrel.

De laatste rector van Ypsilon was Aeson Aegidius